DPZ deluje kroz deset komisija kao radnih tela, u cilju tematskog organizovanja članova. Rad komisija zasniva se na integrisanom pristupu nauci o zemljištu, tako da pojedine teme mogu biti predmet rada više komisija istovremeno, sa različitih stručnih aspekata. Rad komisija odvija se uz stalnu komunikaciju predsednika komisija i uz javnost njihovog rada. Članovi SDPZ mogu istovremeno učestvovati u radu više komisija.
Komisije SDPZ i predsednici komisija za mandatni period 2024–2027.
1. Komisija za genezu, klasifikaciju i kartografiju zemljišta
prof. dr Ljubomir Životić
Poljoprivredni fakultet Univerziteta u Beogradu
2. Komisija za fiziku zemljišta
prof. dr Boško Gajić
Poljoprivredni fakultet Univerziteta u Beogradu
3. Komisija za hemiju i mineralogiju zemljišta
prof. dr Svetlana Antić Mladenović
Poljoprivredni fakultet Univerziteta u Beogradu
4. Komisija za biologiju zemljišta
prof. dr Timea Hajnal Jafari
Poljoprivredni fakultet Univerziteta u Novom Sadu
5. Komisija za plodnost zemljišta i ishranu biljaka
prof. dr Maja Manojlović
Poljoprivredni fakultet Univerziteta u Novom Sadu
6. Komisija za obradu zemljišta
dr Vladan Ugrenović
Institut za zemljište, Beograd
7. Komisija za zaštitu zemljišta i životne sredine
prof. dr Sara Lukić
Šumarski fakultet Univerziteta u Beogradu
8. Komisija za popravku zemljišta, navodnjavanje i odvodnjavanje
prof. dr Ružica Stričević
Poljoprivredni fakultet Univerziteta u Beogradu
9. Komisija za primenu informacionih tehnologija u nauci o zemljištu
prof. dr Vladimir Ćirić
Poljoprivredni fakultet Univerziteta u Novom Sadu
10. Komisija za promociju nauke o zemljištu
dr Jordana Ninkov
Institut za ratarstvo i povrtarstvo, Institut od nacionalnog značaja za Republiku Srbiju